El Prinz Eugen fue uno de los protagonistas de la Operación Rheinübung, un intento alemán en mayo de 1941 por cortar la navegación mercante aliada por el Atlántico en la que estuvo acompañado por el acorazado Bismarck. Ambos buques entablaron combate con dos navíos británicos, el crucero de batalla HMS Hood y el acorazado HMS Prince of Wales en lo que se ha llamado batalla del Estrecho de Dinamarca, durante la cual el Hood fue hundido y el Prince of Wales gravemente dañado.
